Микроорганизмы представляют зачастую главную опасность при хранении пищевых продуктов, являясь, в основном, причиной их порчи. Внешне это пагубное влияние выражается различно: плоды преют от образования чрезмерного тепла, прозрачные ткани мутнеют, изменяется цвет, вкус и аромат, возникают газы и т. п.
При этом происходят качественные и структурные изменения химического состава пищевых продуктов. Однако не всегда воздействие микроорганизмов нежелательно. Сам процесс консервирования строится на применении результатов данных процессов (например, квашение капусты, огурцов, различных видов овощей, а также брожение и образование спиртов, когда из простого фруктового сахара возникает спирт и углекислый газ).
Микроорганизмы находятся повсюду - в помещении, в воздухе, на фруктах, на оборудовании, в таре, в воде и т. д. При благоприятных условиях они размножаются в течение нескольких часов, поэтому встречаются почти всегда и везде в огромном множестве.